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  options {
    stream_name: ""
    physical_type: PHYSICAL_STREAM_TYPE_QUADS
    generalized_statements: false
    rdf_star: false
    max_name_table_size: 128
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    id: 0
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    name: "this"
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    id: 0
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  name {
    id: 0
    value: ""
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    name: "pav"
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    name: "rdf"
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    id: 0
    value: "type"
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    value: "Nanopublication"
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  prefix {
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  name {
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    value: "Object"
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  prefix {
    id: 0
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  name {
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  name {
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  name {
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    }
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  name {
    id: 0
    value: "citation"
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  prefix {
    id: 5
    value: "https://doi.org/10.26195/"
  }
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  name {
    id: 0
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    }
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    id: 0
    value: "conditionsOfAccess"
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    id: 0
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    id: 0
    value: "contentUrl"
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  quad {
    p_iri {
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      name_id: 0
    }
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      lex: "./"
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  name {
    id: 0
    value: "creator"
  }
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  prefix {
    id: 7
    value: "https://data.research.uts.edu.au/api/object/"
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    id: 0
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    }
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    id: 0
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    }
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    value: "Justin.Seymour@uts.edu.au"
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    value: "Martin.Ostrowski@uts.edu.au"
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    value: "Matthew.DeMaere@uts.edu.au"
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    id: 0
    value: "sidaswar.krishnan-1@student.uts.edu.au"
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    value: "dateCreated"
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    p_iri {
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      name_id: 0
    }
    o_literal {
      lex: "2022-08-05T01:51:49.692Z"
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  name {
    id: 0
    value: "datePublished"
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    p_iri {
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    value: "description"
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  quad {
    p_iri {
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      name_id: 0
    }
    o_literal {
      lex: "Rhometa includes various models to perform population recombination rate estimation on metagenomic datasets. It is primarily built using nextflow, a workflow management tool and the python programming language. Here a repository of all the results generated for Rhometa and the scripts used is provided.\n\nIn some cases, different pipelines were used during the course of developing rhometa such as our nextflow LDhat pipeline. LDHat is a population recombination rate estimation program for aligned sequences and simulation pipelines etc, all relevant scripts and nextflow works are included where applicable. The github repositories for all pipelines are provided in the accompanying manuscript.\n\nFile names starting with “figure” are all related to the evaluation of different forms of simulated data. The simulated files are not included to save space, but the scripts used to generate the files are and final results are included.\n\nThe file Lookup_tables.zip is related to all the lookup tables used during the analysis. Lookup tables themselves are very large and as such are not included, but all relevant scripts used to generate them are.\n\nThe file s_pneumoniae.zip is related to the analysis of a real dataset involving an S. pneumoniae transformation experiment. Experiment accession codes are included but not bam files and the reference. The details of how the BAM was generated and the reference file used are described in the manuscript. All results and scripts used are included."
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  name {
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  quad {
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  name {
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  name {
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      lex: "ce2f83c013a711edb084ed90e8a0b9fc"
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    value: "_4"
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    id: 0
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  quad {
    o_iri {
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    }
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  name {
    id: 0
    value: "keywords"
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  quad {
    p_iri {
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      name_id: 0
    }
    o_literal {
      lex: "analysed data and scripts used"
    }
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  name {
    id: 0
    value: "license"
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  name {
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  quad {
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  }
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    value: "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/"
  }
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  name {
    id: 0
    value: "2022.08.04.502887v1"
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    }
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  name {
    id: 0
    value: "name"
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  quad {
    p_iri {
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    }
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      lex: "Rhometa manuscript supporting data"
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  name {
    id: 0
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  name {
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    value: "yearCreated"
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    }
    o_literal {
      lex: "2022"
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  quad {
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  name {
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    value: "Collection"
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  quad {
    s_iri {
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    }
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      prefix_id: 4
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    }
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  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 33
    }
    o_literal {
      lex: "This is the UTS Research Data Portal. For any questions, please get in touch with us at eResearch-it@uts.edu.au"
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      lex: "application/zip"
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    }
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      lex: "application/zip"
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  name {
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    value: "history1"
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  name {
    id: 0
    value: "agent"
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  name {
    id: 0
    value: "endTime"
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    }
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      lex: "2022-08-05T01:51:49.692Z"
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    }
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      lex: "Create"
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    value: "object"
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  name {
    id: 0
    value: "CreateAction"
  }
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  name {
    id: 0
    value: "history2"
  }
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rows {
  name {
    id: 0
    value: "simon.kruik@uts.edu.au"
  }
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  quad {
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  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 16
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    }
    o_literal {
      lex: "2022-08-05T01:51:49.692Z"
    }
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  quad {
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    }
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      lex: "Publish"
    }
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  quad {
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    }
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    }
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  name {
    id: 0
    value: "UpdateAction"
  }
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  quad {
    p_iri {
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    }
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    }
  }
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  prefix {
    id: 0
    value: "https://data.research.uts.edu.au/api/object/meta?resolve-parts&noUrid&id=arcp://name,uts_public_data_repo/ce2f83c013a711edb084ed90e8a0b9fc#"
  }
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  name {
    id: 0
    value: "instrument"
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    }
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      prefix_id: 11
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    }
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  quad {
    p_iri {
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    }
    o_literal {
      lex: "Created RO-Crate using oni-ocfl"
    }
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  name {
    id: 0
    value: "result"
  }
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  name {
    id: 0
    value: "ro-crate-metadata.json"
  }
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  quad {
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    }
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    }
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  quad {
    p_iri {
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    }
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    }
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  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 0
    }
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    }
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  quad {
    p_iri {
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    }
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      lex: "ro-crate-metadata.json"
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  name {
    id: 0
    value: "CreativeWork"
  }
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    }
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rows {
  name {
    id: 0
    value: "ro-crate-metadata.jsonld"
  }
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  quad {
    p_iri {
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    }
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    }
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  quad {
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    }
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      prefix_id: 16
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    }
    o_literal {
      lex: "application/zip"
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}
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  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
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    }
    o_literal {
      lex: "s_pnemoniae.zip"
    }
  }
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    }
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    }
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      name_id: 2
    }
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  quad {
    p_iri {
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    }
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      lex: "_:contact/sidaswar.krishnan-1@student.uts.edu.au"
    }
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    }
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      lex: "sidaswar.krishnan-1@student.uts.edu.au"
    }
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  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 0
    }
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    }
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}
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  quad {
    p_iri {
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      name_id: 0
    }
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      lex: "Sidaswar"
    }
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}
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  quad {
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    }
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      lex: "sidaswar.krishnan-1@student.uts.edu.au"
    }
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      prefix_id: 0
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    }
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    }
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    }
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    }
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    }
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    }
  }
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  quad {
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      lex: ""
    }
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    }
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    }
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      lex: "https://doi.org/10.26195/0w2e-tt98"
    }
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    }
    o_literal {
      lex: "10.26195/0w2e-tt98"
    }
  }
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    }
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    }
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      prefix_id: 16
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    }
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      lex: "_:FOR/08"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "08 - INFORMATION AND COMPUTING SCIENCES"
    }
  }
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  name {
    id: 0
    value: "url"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
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      name_id: 84
    }
    o_literal {
      lex: "_:FOR/08"
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "StructuredValue"
  }
}
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  quad {
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    }
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    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
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    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 43
    }
    o_literal {
      lex: "_:FOR/06"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "06 - BIOLOGICAL SCIENCES"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 84
    }
    o_literal {
      lex: "_:FOR/06"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 6
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    }
    o_iri {
      prefix_id: 16
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    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "contactType"
  }
}
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    s_iri {
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      name_id: 22
    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 86
    }
    o_literal {
      lex: "Data Manager"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 65
    }
    o_literal {
      lex: "sidaswar.krishnan-1@student.uts.edu.au"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 43
    }
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      lex: "_:contact/sidaswar.krishnan-1@student.uts.edu.au"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: ""
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "ContactPoint"
  }
}
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  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 6
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    }
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      prefix_id: 16
      name_id: 87
    }
  }
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  quad {
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      name_id: 44
    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "public_ocfl"
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "value"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 88
    }
    o_literal {
      lex: "ce2f83c013a711edb084ed90e8a0b9fc"
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "PropertyValue"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 6
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 89
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
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      name_id: 45
    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "repository"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 88
    }
    o_literal {
      lex: "arcp://name,uts_public_data_repo/ce2f83c013a711edb084ed90e8a0b9fc"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
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    }
    o_iri {
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    }
  }
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  quad {
    s_iri {
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    }
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      prefix_id: 16
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0"
    }
  }
}
rows {
  quad {
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    }
  }
}
rows {
  quad {
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    }
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      prefix_id: 16
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    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 2
      name_id: 59
    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 33
    }
    o_literal {
      lex: "You are free to share (copy and redistribute the material in any medium or format) and adapt (remix, transform and build upon the material for any purpose, even commercially)."
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)"
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "OrganizationReuseLicense"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 6
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 90
    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 8
      name_id: 52
    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 43
    }
    o_literal {
      lex: "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.04.502887v1"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "Rhometa: Population recombination rate estimation from metagenomic read datasets"
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "ScholarlyArticle"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 6
      name_id: 10
    }
    o_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 91
    }
  }
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rows {
  prefix {
    id: 1
    value: "https://www.nationalarchives.gov.uk/PRONOM/x-fmt/"
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "263"
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 1
      name_id: 0
    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "ZIP Format"
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "website"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 6
      name_id: 10
    }
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      prefix_id: 16
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    }
  }
}
rows {
  quad {
    s_iri {
      prefix_id: 9
      name_id: 2
    }
    p_iri {
      prefix_id: 16
      name_id: 43
    }
    o_literal {
      lex: "https://www.uts.edu.au/"
    }
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 0
      name_id: 53
    }
    o_literal {
      lex: "University of Technology Sydney"
    }
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "Organization"
  }
}
rows {
  quad {
    p_iri {
      prefix_id: 6
      name_id: 10
    }
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    }
  }
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  prefix {
    id: 3
    value: "http://www.w3.org/ns/prov#"
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "wasDerivedFrom"
  }
}
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  name {
    id: 0
    value: "meta?resolve-parts&noUrid&id=arcp%3A%2F%2Fname%2Cuts_public_data_repo%2Fce2f83c013a711edb084ed90e8a0b9fc"
  }
}
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  quad {
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    }
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    }
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    g_iri {
      prefix_id: 2
      name_id: 7
    }
  }
}
rows {
  prefix {
    id: 10
    value: "https://w3id.org/np/"
  }
}
rows {
  name {
    id: 0
    value: "created"
  }
}
rows {
  datatype {
    id: 0
    value: "http://www.w3.org/2001/XMLSchema#dateTime"
  }
}
rows {
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